Otro de los atractivos de Oaxaca son sus hermosos balnearios naturales, y cabe mencionar que la mayoría se encuentra en el Istmo de Tehuantepec. Algunos son muy conocidos y otros no tanto, pero esto depende en gran medida de su ubicación. Hay balnearios formados por agua fría, como el Arroyo Blanco y otros se forman a partir de agua sulfurosa caliente de un respiradero termal, como Atonaltzin; pero la única cosa que todos ellos tienen en común, es que son el resultado de algún manantial o río cercano.
La mayoría de las piscinas naturales se han utilizado para actividades recreativas, y en algunos casos, como el de Laollaga, se han modificado explícitamente para este fin. Lo importante es que sin importar como, todos ofrecen una refrescante y relajante experiencia.
Algunos de los balnearios más reconocidos son: Laollaga, Ojo de agua de Tlacotepec, Atonaltzin, Arroyo Blanco, y Zulzul.