A lo largo de la costa de Oaxaca se pueden encontrar varias alucinantes lagunas. La flora y la fauna de estas lagunas costeras es excepcional, abundante y diversa; y el paisaje simplemente impresionante. El bosque tropical, dunas y manglares proporcionan un refugio para una gran cantidad de especies migratorias y no migratorias por igual. Entre las lagunas costeras más importantes se incluyen Manialtepec y Chacahua, ambas parte del territorio de Puerto Escondido. La mayoría de las lagunas más grandes ofrecen deportes acuáticos y servicio de restaurante.
En cuanto a las lagunas fuera de la costa, podemos decir que son mejor definidas como estanques grandes o lagos pequeños. La Laguna de Guelatao es un ejemplo perfecto de esto. Aunque es un sitio de gran valor patrióticamente hablando, es esencialmente un gran estanque atractivo habitado por patos y gansos.
Otras lagunas incluyen: Laguna de Tecomaxtlahuaca.