La Iglesia de San Agustín fue originalmente una estructura de ladrillos de adobe, construida en un terreno que el entonces obispo de Oaxaca donó a la orden agustiniana. Misma que había establecido el respeto en Oaxaca debido a su disposición con las escuelas y la educación. La iglesia original de adobe se terminó en 1596, dándole paso a la actual iglesia de piedra concluida en 1722 gracias a la financiación de un filántropo portugués. En 1862 se le dio al Instituto de las Artes y las Ciencias, y luego en 1893 fue adquirida por el obispo de Oaxaca.
El exterior de la iglesia de San Agustín cuenta con una de las entradas más atractivas que se encuentran en la ciudad, y en el interior tiene una decoración creativa de la más alta calidad, utilizando joyas reales. El templo también cuenta con algunos fragmentos de hueso que son supuestamente los restos de San Agustín, y un trozo de tela que supuestamente es parte de una prenda usada por San Nicolás.
La Iglesia de San Agustín está a sólo una cuadra del Zócalo, así que no está de más considerar una visita a este magnífico recinto.